Уплата налога с купленной в 2014 году квартиры, оформленной по вине застройщика в 2016 году

Здравствуйте! 

1.для налоговой имеет значение что фактически квартира куплена в 2014 году (переданы все денежные средства, чеки имеются)и тогда получается что квартира в «собственности» более 3-х лет? Или по вине застройщика нам теперь придется платить налог??? 

Срок минимального владения квартирой исчисляется с момента гос. регистрации права собственности в росреестре. 

2.Размер налога 13 % считается от разницы покупки-продажи или, как везде пишут и говорят: не облагается только 1 миллион. Ведь если мы купили за 2млн и хотим продать за 2,5, налог мы должны заплатить с 0,5 млн, а не с 1,5.... 

В случае, если доход от продажи объекта недвижимого имущества существенно ниже его реальной стоимости (ниже чем 70% от кадастровой стоимости этого объекта на 1 января года продажи), то в целях налогообложения такие доходы налогоплательщика принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта, умноженной на коэффициент 0,7. (Для объектов недвижимого имущества, приобретенных в собственность после 01.01.2016). Поэтому для расчёта налоговой базы нужно знать ещё и кадастровую стоимость квартиры

По вопросу налогового вычета: 

В случае если имущество, находившееся в долевой или совместной собственности менее минимального предельного срока владения, было продано как единый объект права собственности по одному договору купли-продажи, имущественный налоговый вычет в размере 1 000 000 рублей распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле, либо по договоренности между ними (в случае реализации имущества, находившегося в общей совместной собственности).

Если каждый владелец доли в праве собственности на имущество продал свою долю, находившуюся в его собственности по отдельному договору купли-продажи, то он вправе получить имущественный налоговый вычет также в размере 1 000 000 рублей.

3.действительно ли нам надо оформлять договор купли-продажи нотариально если мы оба дееспособны и лично присутствуем на всех сделках.

Да, с 2016 года сделки с долями подлежат обязательному нотариальному удостоверению. 

Федеральный закон от 13.07.2015 N 218-ФЗ  «О государственной регистрации недвижимости» Статья 42. Особенности государственной регистрации права общей собственности на недвижимое имущество

Сделки по отчуждению или договоры ипотеки долей в праве общей собственности на недвижимое имущество, в том числе при отчуждении или ипотеке всеми участниками долевой собственности своих долей по одной сделке, подлежат нотариальному удостоверению